近年来，在发行审核中较为常见的问题主要有以下几点：
1、主体资格。主要包括出资问题，如非现金出资的公允性、及时性与合法性。股权问题，股权转让的合规性、合理性；资产重组，在业绩连续计算方式上与适用上存在争议；资产权属、土地、房产承租权与无形资产的权属是否清晰。
2、独立性。在关联交易的清理方式与方法上存在争议。对于业务依赖性的判断，具有一定的弹性，如客户集中度、客户协助、税收优惠等。
3、持续盈利能力。主要是核心竞争力，行业空间、市场排名以及创业板企业成长性的考察。
4、财务与会计。同行业企业在会计政策选择上是否存在差异，如收入确认方法，是否存在财务造假，反映在申报的财务报表中大额应收账款、存货计价、收入与利润配比、报表之间勾稽等较为异常。
5、公司治理与规范运作。突出的问题如税收、股东个人所得税的缴纳；员工劳保的办理，五险一金缴纳情况，关联方占用资产等。
6、募集资金使用。企业募集资金投向与现有技术、管理、经营模式和人才不匹配。
7、信息披露。信息披露不完整。
随着“胜景山河”、“绿大地”等IPO财务造假案的爆发，证监会审核的重点越来越侧重于关注是否存在财务造假问题，以提高IPO企业的信息披露质量。
2012年5月23日，证监会发布了《关于进一步提高首次公开发行股票公司财务信息披露质量有关问题的意见》，明确指出在首次公开发行股票公司财务信息披露方面应重点做好以下九个方面工作：
（一）发行人应建立健全财务报告内部控制制度，合理保证财务报告的可靠性、生产经营的合法性、营运的效率和效果
发行人应建立规范的财务会计核算体系，各关键岗位应严格执行不相容职务分离的原则。重点关注销售客户的真实性，是否频繁发生与业务不相关或交易价格明显异常的大额资金流动。
关注是否存在与控股股东或实际控制人互相占用资金、利用员工账户或其他个人账户进行货款收支或其他与公司业务相关的款项往来等情况。
（二）应确保财务信息披露真实、准确、完整地反映公司的经营情况
发行人应在招股说明书相关章节中对其经营情况、财务情况、行业趋势情况和市场竞争情况等进行充分披露，并做到财务信息披露和非财务信息披露相互衔接。
（三）应关注发行人申报期内的盈利增长情况和异常交易，防范利润操纵
如发行人营业收入和净利润在申报期内出现较大幅度波动或申报期内营业毛利或净利润的增长幅度明显高于营业收入的增长幅度。
如发行人申报期内存在异常、偶发或交易标的不具备实物形态（例如技术转让合同、技术服务合同、特许权使用合同等）、交易价格明显偏离正常市场价格、交易标的对交易对手而言不具有合理用途的交易。
（四）严格按照有关规定进行关联方认定，充分披露关联方关系及其交易
应关注与发行人实际控制人、董事、监事、高级管理人员关系密切的家庭成员与发行人的客户、供应商（含外协厂商）是否存在关联方关系。
应关注发行人重要子公司少数股东的有关情况并核实该少数股东是否与发行人存在其他利益关系并披露。
（五）发行人应结合经济交易的实际情况，谨慎、合理地进行收入确认，应关注收入确认的真实性、合规性和毛利率分析的合理性
当发行人经销商或加盟商模式收入占营业收入比例较大时，应检查经销商或加盟商的布局合理性，定期统计经销商或加盟商存续情况。存在特殊交易模式或创新交易模式的，应合理分析盈利模式和交易方式创新对经济交易实质和收入确认的影响，关注与商品所有权相关的主要风险和报酬是否发生转移、完工百分比法的运用是否合规等。
发行人应紧密结合实际经营情况、采用定性分析与定量分析相结合的方法，准确、恰当地通过毛利率分析描述发行人的盈利能力。
（六）相关中介机构应对发行人主要客户和供应商进行核查
应对发行人主要客户和供应商（例如，前十名客户或供应商）情况进行核查，并根据重要性原则进行实地走访或核查。
（七）发行人应完善存货盘点制度，相关中介机构应关注存货的真实性和存货跌价准备是否充分计提
发行人应完善存货盘点制度，在会计期末对存货进行盘点，并将存货盘点结果做书面记录。
（八）充分关注现金收付交易对发行人会计核算基础的不利影响
发行人与个人或个体经销商等交易金额较大的，发行人应采取各项措施尽量提高通过银行系统收付款的比例，减少现金交易比例。
（九）应保持对财务异常信息的敏感度，防范利润操纵
应关注发行人是否利用会计政策和会计估计变更影响利润，如降低坏账计提比例、改变存货计价方式、改变收入确认方式等。
应关注发行人是否存在人为改变正常经营活动，从而达到粉饰业绩的情况。如发行人放宽付款条件促进短期销售增长、延期付款增加现金流、推迟广告投入减少销售费用、短期降低员工工资、引进临时客户等。