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侧扫声纳是目前常用的海底目标(如沉船、水雷、管线等)探测工具，在测深领域，多波束以全覆盖和高效率证明了它的优越性。由于多波束具有很高的分辨率，目前在工程上已经开始应用多波束进行海底目标物的探测。
多波束的最大优点在于定位精度高，但其适用范围不如侧扫声纳广泛，尤其受到水深和波束角的限制，多波束和侧扫声纳在探测海底目标时具有很好的互补性，同时应用可以提高目标解译的准确性。侧扫声纳能直观地提供海底形态的声成像，但这种声像只能由目标影子长度等参数估计目标的高度，所以对数据解译人员的要求很高。多波束测深系统主要用于进行水下地形测量。
多波束是一种测深工具而并非成像系统，无法直接在记录纸上进行打印，必须先构建数字地形模型(DTM)，再根据DTM构建地貌影像图，从而能够反映细微的地形起伏所导致的坡度和坡向变化；此外，，边缘波束效果差；多波束采用三维可视化的方法进行目标判断，在3D GIS系统中可以直接提取目标物的平面位置和高度，还能够从不同的角度进行观察，便于掌握目标物的形状特征。但是，除非我们在进行测深的同时采集反向散射强度信息，否则我们无法得到与目标物的底质类型相关的信息，因此，多波束比较适合于沉船或者管线等容易根据形状进行判断的目标。
现在的侧扫声纳技术有两个缺点，首先它的横向分辨率取决于声纳阵的水平角宽，分辨率随距离的增加而线性增大，其次它给不出海底的准确深度。当前只有两种声纳可做海底三维成像，即等深线成像和反向散射声成像，前一种是多波束测深声纳，后一种是测深侧扫声纳。总体说来，前者适宜于安装在船上做大面积测量，后者适宜于安装在各类水下载体上，包括拖体、水下机器人(AUV)、遥控潜水器(ROV)和载人潜水器(HUV)，进行细致的测量。
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侧扫声纳通常安装在拖体上，其到海底面的距离是可以调节的，而多波束换能器大多数固定安装在船体上，随着水深的增大，换能器至海底的距离增加，导致波束与海底面的接触面即脚印变大，所以多波束垂直于航行方向的分辨率降低。此外，水深增大也导致换能器单位时间内能够接收到的有效声信号数目(即采样更新率)减少，因此沿着航行方向的分辨率同样降低。
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侧扫声纳不存在波束角的问题，而多波束受波束角限制，每个声波波束与海底面的接触面被视为一个水深点，因此波束角的影响与水深是正相关的。在同样的海况条件下，多波束数据的信噪比常常比侧扫声纳图像要高，这是因为多波束的旁瓣波束被有效压制，因而没有假回波。
多波束的定位精度比侧扫声纳要高2～5m。这是因为，一方面多波束的平面位置误差传递方程比侧扫声纳系统要简单；另一方面多波束系统中的电罗经和船资测量传感器具有很高的精度，可以精确地测定船体的姿态和船首向；此外，多波束系统的校正比超短基线要容易，各种系统误差的消除也更为彻底。因此，，可以认为其定位精度近似地等于GPS本身所能提供的精度。
多波束的优点在于定位精度高、噪声少、能够进行三维可视化分析，但其适用范围不如侧扫声纳广泛；侧扫声纳的优点在于拖体距海底面的高度容易调节、具有很高的分辨率、能够区分目标物的底质特征，缺点是定位精度稍差并且容易受工作环境的影响产生噪声。
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