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“在一篇最新文献中，来自Anthony Nolan Research Institute和UCL Cancer Institute的研究者们利用SMRT测序带来了HLA分型的最新成果。他们评估了100多个细胞系，发现PacBio长read测序显著提高了HLA分型的准确性。”
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“Single molecule real-time (SMRT®) DNA sequencing of HLA genes at ultra-high resolution from 126 International HLA and Immunogenetics Workshop cell lines”由第一作者Thomas Turner、通讯作者Steven Marsh和其他合作者共同完成。
科学家们实施了SMRT测序来对126个B淋巴母细胞株进行高分辨率HLA分型，其中包括1987年建立的一组107个细胞系，现在已经成为此类研究的重要资源。本研究的目标是增加IMGT/HLA数据库中参考序列的分辨率，并改善这些细胞系的HLA分型的标准化。
HLA基因（用于评估器官移植前供体 - 受体组织匹配以及其他免疫相关性状）是基因组中最具多态性的基因之一。对其进行鉴定一直是短read测序平台的难题，但最近用PacBio长read测序进行全长测序和基因鉴定的努力已经产生了令人印象深刻的结果。事实上，作者写道，“Anthony Nolan的组织相容性实验室现在经常使用SMRT测序进行HLA分型。”
在这篇文章中，研究者进行了扩增子测序，用于HLA I类基因的全长基因分析和II类基因的部分分析。
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Table 1 | Target regions of our SMRT sequencing based HLA typing strategy.
他们一共测了931个HLA等位基因，其中96%的结果与与之前为这些细胞系建立的HLA类型相匹配。少数几个差异（13个有差异的）因接合性不同而有所不同，另有10个新的等位基因和34种类型是之前未见报道的。后续的验证工作显示，SMRT测序结果改进了很多早期比较模糊的分型，而且准确度非常高，也纠正了早期研究的不少错误。该研究团队在文中表示，“我们发现了许多差异的和新的内含子多态性，将几个等位基因扩展到完整的基因组序列，并证实了其他研究人员确定的一些等位基因的存在。”
“这里介绍的工作进一步证明了SMRT测序的有效性，在全基因测序时提供最高分辨率，为HLA分型提供十分明确的数据，”作者总结说，“确认了这一点，就能够确保延续参考细胞系作为高通量测序时代免疫遗传学资源的有效性。”
Tips
SMRT
单分子实时（Single Molecule Real-Time，SMRT）测序技术，是PacBio推出的一项专利技术。顾名思义，SMRT技术核心就是能够实现单个DNA分子的测序，并且实时监控测序结果。
HLA
人类白细胞抗原（Human Leukocyte Antigen，HLA），是人类的主要组织相容性复合体（MHC），位于6号染色体上（6p21.31），包括一系列紧密连锁的基因座，与人类的免疫系统功能密切相关。其中部分基因编码细胞表面抗原，成为每个人的细胞不可混淆的“特征”，是免疫系统区分本身和异体物质的基础。
MHS
在组织或器官移植中，供者与受者之间相容(不排斥)还是不相容(排斥)都是由它们组织特异性所决定的。这种代表个体特异性的组织抗原称组织相容性抗原，一套这样的抗原系统称主要组织相容性系统(major histocompatibility system,MHS)。编码MHS的基因群称为主要组织相容性复合体MHC即指某一染色体上一群紧密连锁的基因群。人的MHC就称HLA。
更多
HLA分型是PacBio三代测序技术在医学方向的重要应用之一。由于SMRT测序技术具有超长读长的特点，其在DNA/RNA分子结构上的研究具有独特的优势。
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